Технология Frag Guard предотвращает фрагментацию наиболее важных системных файлов. Diskeeper поддерживает два режима дефрагментации: ручной и автоматический. В автоматическом режиме Diskeeper сам определяет время и условия для запуска. Помимо обычной дефрагментации по расписанию, существует и достаточно интеллектуальный режим с многозначительным названием Smart Scheduling. Интеллектуальность его заключается в том, что Diskeeper отслеживает степень фрагментированности данных на том или ином диске и начинает дефрагментацию, исходя из полученного результата.
